Träger der KZVK ist der Verband der Diözesen Deutschlands (VDD). Er setzt sich aus 27 rechtlich und wirtschaftlich selbstständigen Diözesen zusammen und nimmt Aufgaben wahr, die ihm von der Deutschen Bischofskonferenz übertragen wurden. Eine dieser Aufgaben ist die Besetzung der KZVK-Gremien.
Der Aufsichtsrat wird für einen Zeitraum von fünf Jahren* durch die Vollversammlung des VDD berufen und besteht aus neun Personen, die grundsätzlich ehrenamtlich tätig sind. Neben dem neutralen Vorsitzenden gibt es vier Vertreter der Gewährträger und Dienstgeber sowie vier Vertreter der Versicherten. Zu den Kernaufgaben des Aufsichtsrats gehören unter anderem: Bestellung, Abberufung und Kontrolle des Vorstands, Feststellung von Wirtschafts- und Stellenplan sowie Jahresabschluss, Beschluss von Richtlinien für die Anlage und Verwaltung von KZVK-Vermögen.
Die Vertreterversammlung wird für fünf Jahre durch die Vollversammlung des VDD berufen und besteht aus 19 Personen, die grundsätzlich ehrenamtlich tätig sind. Die Mitglieder um den neutralen Vorsitzenden sind je zur Hälfte Vertreter der Gewährträger und Dienstgeber sowie der Versicherten. Die Vertreterversammlung entscheidet unter anderem über die Kassensatzung mit Ausnahme der Paragrafen 1 bis 10, die in die Zuständigkeit der Vollversammlung des VDD fallen, über die Beitragssätze der KZVK sowie über die Entlastung des Aufsichtsrates.
Der KZVK-Ausschuss ist das Bindeglied zwischen den Gremien der Kasse und dem VDD. Er besteht aus fünf Personen. Zu seinen Funktionen gehören die Vorbereitung und Umsetzung von Maßnahmen für die Vollversammlung des VDD. Darüber hinaus bereitet er die Be- und Abberufung der Mitglieder des Aufsichtsrats und der Vertreterversammlung sowie ihrer Vorsitzenden vor.
Die Verbandsaufsicht ist direkt dem VDD unterstellt und übernimmt die Aufsichtsfunktion über die Kasse. Zu ihren Kernaufgaben gehören die Rechts-, Fach- und Finanzaufsicht sowie die Sicherstellung einer satzungskonformen Tätigkeit von Vorstand, Aufsichtsrat und Vertreterversammlung. Neben zwei hauptamtlich tätigen Mitgliedern hat die Verbandsaufsicht vier ehrenamtliche Mitglieder.
*Ausnahme: Der erste Aufsichtsrat der KZVK wurde 2017 für drei Jahre bestellt.